Партія «Батьківщина» побудована за демократичним принципом «знизу»; її основу складають первинні організації, утворені не менш ніж трьома членами партії на території сіл, селищ, міст районного значення, мікрорайонів, кварталів, вулиць, на підприємствах, в організаціях і установах, де це не заборонено законом. Первинна парторганізація ініціює розгляд проблем перед вищестоящим партійним органом, висуває кандидатури своїх представників на виборах усіх рівнів.

Найвищий керівний орган первинної організації – загальні збори (конференція), що проводяться не рідше, ніж раз на шість місяців. На них визначаються напрями діяльності організації, обирається керівництво та делегати конференцій вищого рівня, рекомендуються кандидатури для обрання в статутні органи вищестоящих організацій, розглядаються звіти керівників, здійснюється прийом нових членів до партії та виключення з неї. Загальні збори правомочні за наявності не менше половини членів організації. Рішення приймаються простою більшістю голосів.

Бюро первинної організації забезпечує виконання рішень партії, відповідає за результати виборів на території організації, скликає загальні збори, веде партійний облік і збір партійних внесків, розглядає заяви про вступ до партії та виключення з неї. Засідання бюро є правомочним, якщо у його роботі бере участь не менше половини його членів, а рішення приймаються простою більшістю присутніх. Засідання проводяться не рідше одного разу на квартал.

Голова первинної парторганізації організовує роботу бюро, веде партійну документацію, відповідає за використання коштів і майна організації, вручає членам партії партквитки та представляє організацію на відповідній території.

Також у складі первинної організації може бути утворено партійну групу для вирішення постійних чи тимчасових завдань.

Територіальні партійні організації – це районні, районні в містах, міські (міст обласного значення), Кримська республіканська, обласні, Київська та Севастопольська міські організації. Їх статутні органи обираються делегатами від нижчестоящих парторганізацій на загальних зборах. Територіальні організації організовують виконання на своїх територіях рішень партії, координують роботу підзвітних парторганізацій. Вони можуть створювати партійні фракції у виборних органах місцевого самоврядування. Також у складі територіальної організації може бути утворено виконавчий секретаріат за погодженням з Президією Політради партії.

Вищим керівним органом територіальної парторганізації є конференція (загальні збори), яка скликається бюро не рідше ніж щороку. На Кримській республіканській, обласних, Київській та Севастопольській міських партійних конференціях, зокрема, обираються делегати з’їзду партії.

Бюро організації проводить засідання не рідше, ніж щомісяця, й веде документацію роботи організації. Рішення бюро територіальної партійної організації є обов‘язковими для виконання її головою.

Голова територіальної парторганізації несе персональну відповідальність за результати виборів усіх рівнів на території організації і представляє її у відносинах з відповідними органами державної виконавчої влади і місцевого самоврядування, засобами масової інформації, об’єднаннями громадян, політичними партіями та громадськими організаціями.

Конференція також обирає членів контрольно-ревізійної комісії організації.

Найвищим керівним органом усієї партії є з’їзд, що скликається Політрадою не рідше, ніж раз на два роки. Делегати з’їзду обираються конференціями Кримської республіканської, обласних, Київської та Севастопольської міських партійних організацій. Він вважається правомочним за умови участі не менше 2/3 обраних делегатів, і рішення на ньому приймаються простою більшістю. Проте з питань затвердження Програми й Статуту партії, внесення змін і доповнень до них повинно проголосувати не менше 2/3 зареєстрованих делегатів. На з’їзді затверджується передвиборна програма партії, визначається її політика й основні напрями діяльності. З’їзд обирає на два роки Голову партії, Політичну раду, Центральну контрольно-ревізійну комісію та визначає їхній кількісний склад, висуває кандидатури до партійного списку кандидатів у народні депутати, приймає рішення про утворення виборчого блоку, висуває претендента від партії на кандидата у Президенти України, приймає рішення з будь-яких інших питань діяльності партії.

В період між з’їздами керівним органом партії є Політична рада, яку очолює Голова партії. Засідання Політради скликаються не рідше одного разу на три місяці. Вона організовує роботу партії щодо виборів і плебісцитів усіх рівнів, готує пропозиції щодо участі партії у виборчих блоках, коаліціях з іншими партіями. Для організації виконання рішень керівних органів партії, координації та контролю за роботою місцевих партійних організацій вона створює Виконавчий секретаріат. Політрада затверджує зразки печатки, штампів, бланків, партійної символіки та здійснює інші повноваження, крім тих, що належать до виключної компетенції з’їзду партії.

Президія Політичної ради партії є керівним органом партії у період між засіданнями Політичної ради і обирається останньою терміном до двох років. До її складу входять Голова партії, який очолює Президію, заступники Голови партії, керівник Виконавчого секретаріату, інші члени Політичної ради. Кількісний склад Президії визначає Політрада. На свої засідання Президія збирається не рідше одного разу на два місяці. Рішення на засіданні приймаються простою більшістю; за рівної кількості голосів вирішальним є голос Голови партії. Президія забезпечує участь партії у виборах і плебісцитах усіх рівнів, готує і проводить засідання Політради, затверджує партійний бюджет, засновує партійні ЗМІ, розпоряджається майном партії та здійснює інші повноваження, крім тих, що належать до компетенції з’їзду партії та Політичної ради партії.

Голова партії обирається з’їздом і керує роботою Політради та її Президії. Він вносить на розгляд з’їзду пропозиції щодо кількісного та персонального складу Політичної ради партії, на розгляд Політичної ради - кандидатури своїх заступників і членів Президії Політради, представляє партію у відносинах з органами державної влади і місцевого самоврядування, об’єднаннями громадян, політичними партіями, громадськими організаціями України та інших держав, міжнародними і міжурядовими організаціями, підписує рішення з’їзду, Політради та її Президії, інші партійні документи.

З’їзд також обирає членів Центральної контрольно-ревізійної комісії. Її повноваження – контроль за дотриманням Програми та Статуту партії, фінансової дисципліни статутними органами партії та виконання ними партійних рішень, ревізія фінансової діяльності партії, контроль за роботою контрольно-ревізійних комісій Кримської республіканської, обласних, Київської та Севастопольської міських, районних і міських партійних організацій.

В цілому структура партії може бути представлена такою схемою: